COVID-⁠19 Suisse

Informations sur la situation actuelle, état au 19 janvier 2022

Évolution de l'épidémie,Appenzell Rh.-⁠Int.

Variants du virus

Les données que nous publions sont basées sur les déclarations des laboratoires qui procèdent au séquençage du virus ou examinent spécifiquement les mutations. Les résultats sont saisis via notre système de déclaration et par le biais d’un programme national de surveillance du SARS-⁠⁠CoV-⁠⁠2. Ils peuvent diverger de ceux communiqués par les cantons et le Liechtenstein.

Le nouveau coronavirus (SARS-⁠CoV-⁠2), à l’origine de l’infection au COVID-⁠19, ne cesse d’évoluer par des mutations de son génome (modification du patrimoine génétique). Ces mutations permettent de définir et de classer les différents variants d’un virus. La plupart n’ont quasiment pas, voire aucun effet sur les propriétés virales. Certains variants du SARS-⁠CoV-⁠2 se caractérisent par une modification des agents pathogènes, qui peut influencer la situation épidémiologique, par exemple en étant plus contagieux, en entraînant une évolution grave de la maladie ou en échappant à la réponse immunitaire malgré une infection guérie ou une vaccination (résistance aux anticorps). Pour la plupart des variants connus, la vaccination complète continue d’offrir une bonne protection contre les formes graves de la maladie. Pour certains variants, les connaissances en la matière sont encore lacunaires.

L’OMS a classé certains variants comme variants préoccupants ou VOC (Variants Of Concern) et variants à suivre ou VOI (Variants Of Interest). Ils font l’objet d’une surveillance particulière. La classification adoptée par la Suisse et le Lichtenstein peut différer de celle de l’OMS. Les experts et expertes évaluent régulièrement les nouveaux éléments portés à leur connaissance sur des variants nouveaux ou déjà connus et cherchent à définir l’influence potentielle des variants en circulation sur la situation épidémiologique de ces deux pays.

Aperçu des variants du virus

Variants du virus détectés, Appenzell Rh.-⁠Int., 28.09.2020 au 19.01.2022

Les laboratoires nous communiquent les résultats d’analyse spécifique des variants par le biais du système de déclaration obligatoire. Ils comprennent l’examen ciblé de chaque mutation ou le séquençage partiel ou complet du génome. La surveillance systématique des variants en circulation se fonde sur le séquençage ciblé et complet du génome à partir d’un échantillonnage représentatif. Les données ainsi obtenues permettent d’estimer le pourcentage représenté par ces variants. Cela nous permet aussi d’identifier des variants inconnus. Le tableau montre le nombre cumulé de variants détectés en Suisse et au Liechtenstein.

Système de déclaration: Les résultats de l’analyse axée sur les cas nous sont transmis via le système de déclaration. Il s’agit soit d’une analyse ciblée des différentes mutations, soit du séquençage partiel ou complet du génome. Les données sont essentiellement collectées dans le cadre d‘une analyse ciblée (par exemple, études de flambées, cas malgré la vaccination complète et réinfections). Il ne s’agit donc pas d’échantillons représentatifs.

Surveillance: Les résultats de la surveillance se basent sur le séquençage complet du SARS-⁠CoV-⁠2. Dans le cadre de la surveillance, un laboratoire procède au séquençage d‘échantillons positifs au SARS-⁠CoV-⁠2, sélectionnés de manière aléatoire, ce qui permet d’avoir une vue d’ensemble représentative à l’échelle nationale des variants de virus actuellement en circulation. Les données nous permettent d’estimer la proportion de chacune des variants et d‘identifier des variants jusqu’ici inconnues.

Variants Système de déclaration Surveillance
B.1.1.529 – Omicron

D’après la classification de l’OMS, en Suisse et au Liechtenstein, ce variant est considéré comme variant préoccupant (VOC). Il n’existe encore aucune connaissance validée sur l’agent pathogène de ce variant. Ses mutations semblent indiquer une plus grande transmissibilité et une protection immunitaire réduite, ce qui pourrait entraîner le risque d’une nouvelle infection et un niveau de protection vaccinale réduit. Le variant Omicron a été détecté pour la première fois en novembre 2021 au Botswana et en Afrique du Sud.

Système de déclaration

1

Surveillance

-
B.1.617.2, toutes les sous-⁠variants AY – Delta

Le nom Delta correspond à toute la famille des variants B.1.617.2 ainsi qu’à tous les sous-⁠variants AY. D’après la classification de l’OMS, ce variant est préoccupant (VOC), car il peut entraîner des formes graves de la maladie et présente des caractéristiques immunoévasives. Le risque de réinfection et de moindre protection vaccinale existe aussi. Il a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020. Depuis fin juin 2021, c’est cette famille de variants qui est la plus fréquente en Suisse et au Liechtenstein. De ce fait, elle n’est plus considérée comme préoccupante dans ces pays depuis la mi-⁠août 2021.

Système de déclaration

91

Surveillance

-
P.1 – Gamma

D’après la classification de l’OMS, ce variant est préoccupant (VOC), car il peut entraîner des formes graves de la maladie et présente des caractéristiques immunoévasives. Le risque de réinfection et de moindre protection vaccinale existe. Il a été détecté pour la première fois au Brésil en novembre 2020. Comme il n’a actuellement aucune influence sur la situation épidémiologique en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, il n’est plus considéré comme préoccupant dans ces deux pays depuis début août 2021.

Système de déclaration

0

Surveillance

-
B.1.351 – Beta

D’après la classification de l’OMS, ce variant est préoccupant (VOC), car il peut entraîner des formes graves de la maladie et présente des caractéristiques immunoévasives. Le risque de réinfection et de moindre protection vaccinale existe. Il a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en mai 2020. Comme il n’a actuellement aucune influence sur la situation épidémiologique en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, il n’est plus considéré comme préoccupant dans ces deux pays depuis début août 2021.

Système de déclaration

0

Surveillance

-
B.1.1.7 – Alpha

D’après la classification de l’OMS, ce variant est préoccupant (VOC), car il est associé à une plus grande contagiosité. Il a été détecté pour la première fois en Grande-⁠Bretagne en septembre 2020. Ce variant du virus est celui qui a le plus circulé en Suisse entre mi-⁠février et fin juin 2021 avant d’être détrôné par le variant Delta. Le variant Alpha n’est plus considéré comme préoccupant en Suisse et au Liechtenstein depuis mai 2021.

Système de déclaration

21

Surveillance

-
C.37 – Lambda

D’après la classification de l’OMS, en Suisse et au Liechtenstein, le variant Lambda était considéré comme variant à suivre (VOI) en raison de son immunoévasion supposée. Le risque de réinfection et de moindre protection vaccinale existe. Il a été détecté pour la première fois au Pérou en décembre 2020. Puisqu’il n’a plus d’effet sur la situation épidémiologique en Suisse et au Liechtenstein, il n’y est plus considéré comme préoccupant.

Système de déclaration

-

Surveillance

-
B.1.617.1 – Kappa

D’après la classification de l’OMS, en Suisse et au Liechtenstein, le variant Kappa était considéré comme variant à suivre (VOI) en raison de son immunoévasion supposée. Le risque concernait une réinfection potentielle et une moindre protection vaccinale. Il a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020. Il n’est plus considéré comme VOI depuis le 20 septembre 2021. Puisqu’il n’a plus d’effet sur la situation épidémiologique en Suisse et au Liechtenstein, il n’y est plus considéré comme préoccupant.

Système de déclaration

0

Surveillance

-
P.2 – Zeta

D’après la classification de l’OMS, en Suisse et au Liechtenstein, le variant Zeta était considéré comme variant à suivre (VOI) en raison de son immunoévasion supposée. Le risque concernait une réinfection potentielle et une moindre protection vaccinale. Il a été détecté pour la première fois au Brésil en avril 2020. Il n’est plus considéré comme VOI depuis le 6 juillet 2021. Puisqu’il n’a plus d’effet sur la situation épidémiologique en Suisse et au Liechtenstein, il n’y est plus considéré comme préoccupant.

Système de déclaration

0

Surveillance

-
B.1.525 – Eta

D’après la classification de l’OMS, en Suisse et au Liechtenstein, le variant Eta était considéré comme variant à suivre (VOI) en raison de son son immunoévasion supposée. Le risque concernait une réinfection potentielle et une moindre protection vaccinale. Il a été détecté pour la première fois dans plusieurs pays en décembre 2020. Il n’est plus considéré comme VOI depuis le 20 septembre 2021. Puisqu’il n’a plus d’effet sur la situation épidémiologique en Suisse et au Liechtenstein, il n’y est plus considéré comme préoccupant.

Système de déclaration

0

Surveillance

-
B.1.526 – Iota

D’après la classification de l’OMS, en Suisse et au Liechtenstein, le variant Iota était considéré comme variant à suivre (VOI) en raison de son immunoévasion supposée. Le risque concernait une réinfection potentielle et une moindre protection vaccinale. Il a été détecté pour la première fois aux États-⁠Unis en novembre 2020. Il n’est plus considéré comme VOI depuis le 20. septembre 2021. Puisqu’il n’a plus d’effet sur la situation épidémiologique en Suisse et au Liechtenstein, il n’y est plus considéré comme préoccupant.

Système de déclaration

-

Surveillance

-
B.1.1.7 & E484K

Il s’agit d’un variant à suivre (VOI) en raison du risque accru d’infection et du risque accru d’une nouvelle infection Comme elle est peu répandue en Suisse et dans la Principauté de Liechtenstein, elle n’est pas considérée comme préoccupante.

Système de déclaration

0

Surveillance

-
B.1.1.318

En Suisse, le variant B.1.1.318 est considéré comme variant à suivre (VOI) en raison de son immunoévasion supposée. Le risque de réinfection et de moindre protection vaccinale existe. Il a été détecté pour la première fois dans plusieurs pays en janvier 2021. Puisqu’il n’a plus d’effet sur la situation épidémiologique en Suisse et au Liechtenstein, il n’y est plus considéré comme préoccupant.

Système de déclaration

-

Surveillance

-
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Source: OFSP (Système de déclaration) – État : 19.01.2022, 07 h 45
Source: OFSP (Surveillance) – État : 19.01.2022, 08 h 16

Chronologie

Variants du virus détectés, Appenzell Rh.-⁠Int., 28.09.2020 au 19.01.2022

La surveillance systématique des variants en circulation implique le séquençage ciblé et complet du génome à partir d’un échantillonnage représentatif. Les données ainsi obtenues permettent d’estimer le pourcentage représenté par ces variants. Cela permet aussi d’identifier des variants encore inconnus.

Le graphique présente l’évolution dans le temps de la répartition estimée des variants détectés en Suisse et au Liechtenstein. La ligne matérialise la moyenne glissante sur 7 jours (3 jours avant et 3 jours après). Le diagramme en barres indique le nombre d’échantillons entièrement séquencés chaque jour.

Pour chacun des variants sélectionnés, les valeurs journalières sont délimitées par une valeur supérieure et une valeur inférieure, qui représentent une probabilité de 95 %.

Données cantonales non disponibles

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